Она была возведена Теобальдо Понтано, епископом Ассизским в 1296—1329 гг. и включает несколько лучших образцов живописи, выполненной мастерской Джотто и, как считают, самим мастером (ок. 1320 года). Подлинность и датировка фресок в Часовне Магдалины Нижней церкви Сан-Франческо обсуждается. Общепризнанно, что они были выполнены с участием Джотто, но его роль, вероятно, была скорее планировщиком, чем художником. Появляется личность одного или, может быть, двух его помощников - так называемого Паренте ди Джотто и Мастера Веле. Эти работы Вазари ошибочно приписывает Пуччо Капанне. На боковых стенах размещаются сцены из жития святой (c портретом епископа Понтано), а на своде — медальоны с изображением Христа, Богородицы, Магдалины и Лазаря (которого католическая церковь считает её братом).

Сцена изображает святую, которая держит руку кардинала Теобальдо Понтано, по заказу которого была расписана капелла. Сцена окружена красочной рамкой, имитирующей мраморные колонны и мозаику.