Еще молодым художником Джованни начал целую серию изображений Богородица и Младенца, составивших одну из самых характерных тем его творчества.

Существует большое число произведений на этот сюжет, чему в последующие годы во многом способствовала деятельность его мастерской, которой принадлежат, по крайней мере частично, некоторые Мадонны, подписанные именем художника из соображений престижа. Изображения Богородица с Младенцем у Беллини отличает особая нежность и в то же время напряжённость глубокого сильного чувства, связывающего Мать и Сына. Образцами для этих Мадонн были византийские и греко-критские иконы, широко распространённые в Венеции, которые иногда Джованни воспроизводил с абсолютной точностью. Он радикально преобразил и переработал застывшие стереотипы восточных икон, наполнив их лиризмом и поэтическим чувством, которые одушевляли персонажей и порождали ощущение интимного контакта, душевной сопричастности между ними и зрителем.